昭和４７年（１９７２年）
厚生省ガン特別研究班の一つとして発足。
「発癌におけるカビ毒の位置づけに関する研究」（代表宮木高明　千葉大学教授）は、
班活動の一環として「マイコトキシン研究会」を設け、
昭和４７年８月～４８年１２月までに６回の研究会を開き活動。
昭和４９年５月に開かれた班会議においてその研究会を発展的に解消し、
個人会員制を前提とした研究会を新たに設けることが決議された。

昭和４９（１９７４年）９月４日午後１時３０分
東大薬学部記念講堂にてマイコトキシン研究会総会が開かれ（参加者１１０名）、
ここにマイコトキシン研究会が発足。
（初代 斉藤 守 会長　他幹事１１名 事務局　東京理科大 上野 芳夫）

平成１９年（２００７年）１月１２日
国立医薬品食品衛生研究所講堂にて、
「マイコトキシン研究会」から「日本マイコトキシン学会」へ名称変更することが承認された。